In questa nuova e fantastica avventura Scooby-Doo ed i suoi amici della Mystery Inc. cercheranno di risolvere un mistero nel mondo delle arti marziali.

Il gruppo viaggia verso il Giappone circumnavigando l'Asia ed il Pacifico alla ricerca di un tesoro che li aiuterà a risolvere una serie di antichi enigmi.

Sarà una corsa contro il vendicativo Samurai Nero e i suoi Guerrieri Fantasma per trovare la leggendaria Spada del Destino, un'antica lama capace di sprigionare straordinari poteri.

Lungo il percorso, Scooby-Doo e Shaggy riceveranno insegnamenti da un improbabile Maestro di Spada che li addestrerà nel Bushido, la Via del Samurai.

Le loro abilità verranno messe subito alla prova da un inarrestabile esercito di Ninja Robot.

E alla fine i nostri tormentati eroi scopriranno che proprio il Bushido, incentrato su lealtà, onore e coraggio, contiene la chiave del mistero.